Così come per le altre infrastrutture di trasporto, la progettazione di un sistema ferroviario richiede un approccio multidisciplinare. I progetti redatti per clienti quali Italferr, Ferrovie Emilia-Romagna e imprese lavoranti nell'ambito delle manutenzioni ferroviarie hanno permesso ad ENSER di acquisire esperienza nella gestione di progetti ferroviari anche completi, abbracciando le tematiche relative alla caratterizzazione geologo-geotecnica, al tracciato, alle opere d'arte maggiori e minori, al rapporto con i sottosistemi impiantistici.

Il Direttore Generale di ENSER, l'Ing. Giorgio Cortesi, è stato coordinatore tecnico del Consorzio AlpTransit Biasca e Project Manager durante le fasi di progettazione e di Direzione Lavori per la realizzazione del portale sud della nuova galleria di base del San Gottardo. Questa attività è stata eseguita per la Società di ingegneria svizzera Project Partners Ltd, che è oggi un'importante associata di ENSER.

Una nota particolare meritano i nostri progetti costruttivi per le imprese internazionali nell'ambito del progetto Grand Paris Express in Francia. Oltre alle gallerie principali, altre strutture come le stazioni, i tunnel di collegamento, i sistemi di aerazione e i locali tecnici sono spesso in collegamento con il piano di campagna e richiedono una conoscenza dettagliata delle caratteristiche meccaniche del terreno, anche in relazione alla tecnica costruttiva specifica.